本シリーズはこれまで2Dの背景に2Dのキャラクターの立ち絵で構成されていたが、今作では、3DSということでキャラクターが3Dポリゴンになっただけでなく、背景も立体化されている。
キャラクターのポリゴンモデルは何の変哲もない、ごくごく普通のポリゴンモデルである。元のキャラクターがモブキャラみたいなデザインなので、ポリゴンモデルの精度自体も並である一方、色使いは良く、テクスチャも解像度の低さを感じる場面はなかった。
ただし、ミニゲーム中のポリゴンモデルに限って言えばフルプライスのタイトルとは思えないほどチープではある。
なお、背景自体はおそらくポリゴンではなく、有名なモーションポートレートの技術を応用したものに見えるが、ひょっとすると職人技で元の2次元絵に見えるようにうまくポリゴンモデルで世界を表現しているのかもしれない。
3DSになってSM3.0世代並のシェーダが使えるようになったが、それらは使われておらず、世界観にマッチしたトゥーンシェーダが用いられているのみだ。

本作は全編でストリーミング再生であろうか、と感じるほどに高音質である。実際に全曲が生音ではないのは明らかだが、それにしても3DSの最初期に発売されたとは思えないほど、また3DS本体のスピーカーで聞いても高音質だ。
今作はタイトル画面でいつものレイトン教授のテーマは流れないが、その代わりに流れる奇跡の仮面の音楽はメロディもよく、おそらく生音であろう弦楽器の音色が美しい。

レイトン教授シリーズは前作まで3つセーブデータを作ることができたが、今作では1つしかセーブデータが作れない。おそらく3DSのすれ違い通信に対する考え方からこのようになったのだろうが、ユーザ側からしてみればありえない改悪と言わざるを得ない。
しかもセーブデータ2つ犠牲となってできたであろうすれ違い通信がほとんど無意味だというのだから閉口してしまう。
基本的な操作体系は今までと同じで、タッチを前提とした使いやすいUIだ。3DSの画面の都合上、マップ中の探索はマウス方式となったが、逆に重要ポイントを見つけやすくなった。この変更は3DSの本体設計が原因とはいえ、結果として操作体系の改良となっている。

本作は要するにアドベンチャーゲームなので、普通にプレイすれば本編だけでは20時間もかからないだろう。もっとも、アドベンチャーとはいえ実際に操作するのはほとんどが謎解きの部分なので、早解きすれば10時間を切ることも可能だろうが。
しかし、これまでのレイトンシリーズ同様、おまけのミニゲームが数種類ついていくほか、本稿執筆時点ですでに配信を終了しているが毎日1つずつ新しくナゾ（ナゾといいつつも実際にはパズル）が配信されていたので、そのボリュームは膨大である。なお、毎日の新規配信は終了しているが、現在でもインターネットに接続すれば未ダウンロードのナゾはすべてダウンロードできるのでその点は安心してほしい。

インターネット界隈では毎回酷評されている本シリーズのシナリオだが、今作は前作までよりはずいぶんましである。相変わらずご都合主義のトリックや、あまりに非現実すぎる、ぶっとんだシナリオは健在だが、そうはいっても今までよりはずいぶんわかりやすく（過去4作のシナリオが如何にトンデモすぎたのかという話だが。）、またこうしたゲームでどうしても出てしまう「お遣い感」が少ないのは良い。

技術的観点からいえばクロストークも全く出ないし、カメラ自体がきわめて制限されている分、3D映像は一切破綻しない。
しかし、もともと3Dにする意味がほとんど皆無なタイトルだが、謎解きのアクセントとして3Dが用いられているほか、全編で3D人形劇のようなものが行われているなど積極的に3Dを取り入れているものの、最初期のタイトルとあってか3D感はかなり乏しい。もちろん、その分見やすいとはいえるが、3D的表現はない。