多くのBGMにおいてGB時代の矩形波・三角波による3和音のBGMを上手く現代風にアレンジされている。一部残念なアレンジがあったので手放しで評価できるものではないが、ほとんどの場合はアレンジになってもほとんど問題ないといえる。それどころか、「しぜんこうえん」などでは原曲よりも良曲になったという印象を受ける。ただし所詮はもとがGBのゲームなので現代チックな複雑なメロディラインは新曲を除いては基本的にはない。しかしそのメロディラインのある種の単純さが覚えやすさとも言えよう。今作ではイントロがアレンジされた曲も目立つので、そういった曲は多少覚えにくいかもしれない。また、新曲と位置づけられるかどうかは微妙ながら、今作でシナリオの重要都市に位置付けられたエンジュシティは原曲を大幅にアレンジした、というかほとんど原形をとどめていない専用BGMとなった。そのため、タンバシティもそれに付随して専用BGMと化した。そのほかにも、古くからのユーザにとって非常にうれしいものとして、原作の金銀では容量不足で存在しなかったハナダ・セキチクシティと25ばんどうろ、そしてグレンじまのBGMが赤緑のBGMを基調としてアレンジされているのは評価したく、その上本編クリア後には古くからのユーザにとってもっと嬉しい機能として、GBプレイヤーというアイテムを手に入れることによってBGMをGB風にすることができる。音源はあくまでDSなのでGB音源の完全再現とまではいかないが、当時なかったカントーの一部や全く新しいBGMも積極的にGB風アレンジが行われている。