これも前作ハートゴールド・ソウルシルバーから劣化している。L=Aボタンが使えない他、Bボタンダッシュ固定が使えなくなったり、ボックス整理も前作に比べ不便になったほか、便利ボタンに多くのアイテムを登録できるのはいいがそのせいでボタンを押す回数が増えてしまっていたり、タマゴ発見が育て屋の前にいないと分からない。極め付けは同じDS同士、通信プロトコルも同じであるはずのダイヤモンド・パール/プラチナおよびハートゴールド・ソウルシルバーとの相互交換ができない点である。GBAからDSであった前作、あるいは色々とシステムが変わったGBからGBAとなったルビーサファイア世代ではそれぞれ世代間通信が一方通行またはできないのは一定の理解を得ることができたが今作ではそのような言い訳はできないわけで、同じGB同士であった初代、第二世代の相互交換ができた点を考慮すると制作側の怠慢と言わざるを得ない。